世に言う清須会議とは一体どのような会議だったのだろうか。そして誰が参加していたのか。天正１０年（１５８２年）６月２日に織田信長と嫡男信忠は明智光秀に討たれ、その明智光秀も同６月１３日に討たれている。平たく言えば清須会議とは信長の後継者を決めるための会議だったのだ。参列したのは柴田勝家、丹羽長秀、池田恒興、そして羽柴秀吉という重臣４人だった。本来であればここで滝川一益も加わっていなければならないわけだが、しかし信濃路で足止めを食い会議が開かれた６月２７日までに清須城に入ることができなかった。
織田家の家督は天正３年（１５７５年）にすでに信忠に譲られていた。だがその信忠も本能寺の変で討たれてしまったため、家督継承者の席が空席になってしまったのだ。通常であれば信忠の子が織田家を継ぐべきだが、しかしこの時三法師（織田秀信）はまだ３歳だった。そのため信忠の弟である信長の次男信雄、三男信孝も候補に挙げられていた。
だが歴史学者の研究によれば、後継者は最初から三法師で決まっていた可能性が高いようだ。つまり清須会議とは実は信長・信忠の後継者を選ぶための会議ではなく、信長・信忠・明智光秀の旧領を分配するための会議であったようだ。
戦国時代までは、嫡男が家督を相続するという決まりごとはなかった。例えば嫡男よりも次男の方が器量が良かった場合、次男が家督を継ぐというケースも多かった。なぜなら戦国時代に於いて何よりも重要なのは、家を守ることだからだ。器量の悪い嫡男に継がせて家を滅ぼすようなら、迷わず器量のいい次男に家を継がせていたのである。信長と弟信勝（信行）が後継者争いを繰り広げたのも、このような理由からだと言われている。
本能寺の変後、三法師は清須城に避難をしていた。そして後継者は最初から三法師と決められていたからこそ、清須会議は清須城で行われたことになる。つまり後継者がいる城に、重臣たちが集結したという形だ。この会議で所領の分配が行われたわけだが、それは以下の通りとなる。
柴田勝家
本領越前＋伊香・浅井・坂田の北近江３郡
羽柴秀吉
山城・丹波
丹羽長秀
本領若狭＋近江の高島・志賀２郡
池田恒興
摂津一国
北畠信雄
本領南伊勢＋尾張
神戸信孝
本領北伊勢＋美濃
三法師に関しては本来安土城に入るはずだったが消失してしまったことにより、岐阜城に入り叔父信孝の後見を受けている。もしここに滝川一益が間に合っていれば、この分配ももう少し違う形になっていたかもしれない。
一益は本能寺の変を知ると信濃の城を旧城主に無条件で返還し清須への道を急いだ。そのため清須会議後は旧領の現状維持という形になってしまった。一益は人柄の良さでも知られる人物であるが、その人柄ゆえに信長亡き後の出世レースで遅れを取ってしまったのかもしれない。
また、もし本能寺の変が起こるのがもう少し遅く、一益が旧武田領の仕置きを終えた後であれば、一益も旧武田領を失うことなく清須会議にも間に合い、旧武田領に於いて勢力を伸ばせていたかもしれない。そして一益をよく助けた真田昌幸と協力することで、滝川一益は織田家でもっと大きな力を得ていたかもしれない。
だが結果的には賤ヶ岳の戦いで柴田勝家に味方したことにより敗れ、本領であった伊勢の所領まで没収されてしまった。もしかしたら本能寺の変により最も損をさせられたのは滝川一益だったのかもしれない。