第１０４代 後柏原天皇（ごかしわばら）
在位：明応９年１０月２５日〜大永６年４月７日（１５００〜１５２６年）
父：後土御門天皇（第１０３代）
子：後奈良天皇（第１０５代）
明応９年に後土御門天皇（ごつちみかど）が崩御され、３７歳で践祚式（せんそしき：天皇の象徴である勾玉や宝剣を継承する儀式）を行なった。だがその後は財政難によってなかなか即位することができず、第１１代将軍足利義澄が献金しようとするも管領である細川政元に反対されてしまう。その後足利将軍家や本願寺から献金を受け即位できたのは践祚から２１年経った大永元年（１５２１年）だった。戦国時代はこのように、天皇の威信が最も失われていた時代だったのである。
第１０５代 後奈良天皇（ごなら）
在位：大永６年４月２９日〜弘治３年９月５日（１５２６〜１５５７年）
父：後柏原天皇（第１０４代）
子：正親町天皇（第１０６代）
後柏原天皇が崩御するとすぐに践祚したが、しかし朝廷の財政難は続いていた。父である後柏原天皇同様、践祚してもなかなか即位することができず、大内家・北条家・今川家からの献金を受け即位できたのは天文５年（１５３６年）になってからだった。後奈良天皇は即位後に財政危機を乗り切るため、天皇の直筆を諸大名に売った。金銭さえ支払えば、大名たちは天皇に好きな文言を直筆してもらうことができた。このような天皇の行動も、天皇の権威を失墜させる原因となっていた。
だが後奈良天皇も父親同様、民の安寧を誰よりも願う天皇だった。そのため長尾景虎（後の上杉謙信）のように天皇への忠誠を誓う義将の存在もあった。長尾景虎は天文２２年（１５５３年）に上洛し後奈良天皇に拝謁している。
第１０６代 正親町天皇（おおぎまち）
在位：弘治３年１０月２７日〜天正１４年１１月７日（１５５７〜１５８６年）
父：後奈良天皇（第１０５代）
正親町天皇はまさに戦国時代のど真ん中を生きた天皇だった。践祚（せんそ）したのは弘治３年（１５５７年）だったが、財政難は変わらず毛利元就らの献金により即位できたのは永禄３年（１５６０年：桶狭間の戦いが起きた年）だった。応仁の乱（応仁元年：１４６７年）以降朝廷を苦しめ続けた財政難だが、正親町天皇の代になると状況が一変する。織田信長が登場したためだ。信長は永禄１１年（１５６８年）に上洛をすると、その後は第１５代将軍足利義昭を援助しながら、朝廷への献金も熱心に行った。
しかし信長の場合は長尾景虎とは違い、天皇に忠誠心を持っていたわけではなかった。戦で都合が悪くなると天皇を担ぎ出し調停に持ち込むため、信長は天皇を味方にするためだけに資金援助を行っていた。長年苦しめられた石山本願寺との休戦も、天皇の勅命あってこそだった。
だが正親町天皇は徐々に信長のやり方に異論を挟むようになり、信長は正親町天皇を疎ましく感じるようになる。そこで信長が考えたことは、信長の養子となっていた第五皇子、誠仁親王（さねひとしんのう）に譲位させることだった。だがこれに関しては信長が本能寺の変で明智光秀に討たれたため実現することはなかった。だが１０７代天皇には誠仁親王の子、後陽成天皇が即位している。
ちなみに本能寺の変後、天下を掌握した羽柴秀吉は征夷大将軍になることを目指した。しかし征夷大将軍になるためには第１５代将軍足利義昭の養子になる必要がある。これを義昭が拒んだため、秀吉は征夷大将軍になることができず、関白の職に就くことになった。また、羽柴秀吉に豊臣姓を与えたのは正親町天皇だった。
第１０７代 後陽成天皇（ごようぜい）
在位：天正１４年１１月７日〜慶長１６年３月２７日（１５８６〜１６１１年）
父：誠仁親王（正親町天皇の第５皇子で織田信長の養子）
豊臣政権と徳川政権にまたがって即位していた天皇で、関ヶ原の戦いの翌年までの在位となる。豊臣政権時代は織田政権時代同様、秀吉が朝庭に対し熱心に献金を行なっていた。そのため正親町天皇の頃に取り戻していた天皇の威信もまだ保たれていた。ちなみに秀吉が文禄の役・慶長の役を戦った際、もし勝っていたら後陽成天皇を明国（中国）の皇帝にしようと考えていたようだ。
秀吉が死に天下が家康の手に渡ると、天皇の威信は再び失われていった。徳川家康は天皇を蔑ろにするような政治を行い、後陽成天皇もそれに対し不満を募らせていた。江戸幕府は１６０３年に徳川家康によって創設されたわけだが、それ以降天皇の威信はどんどん失われていった。後陽成天皇は元和３年（げんな：１６１７年）に崩御し火葬される。その後天皇はすべて土葬されているため、後陽成天皇は最後の火葬された天皇ということになる。
- 応仁の乱以降、財政難によりなかなか天皇になれない天皇がいた？！
- その苦しい財政難を救ったのは尾張の織田信長だった！
- しかし上杉謙信とは違い、信長に天皇への忠誠心はなかった？！